El municipi compta amb una proposta del Consell Tècnic d'Heràldica
L'ajuntament de Sant Joan, i en la seua representació l'alcalde de la localitat, Jaime Albero, conscient de la importància d'afermar la identitat dels seus habitants amb una bandera pròpia, basada en el llegat històric, cultural i socioeconòmic -i en absència de la mateixa-, va sol·licitar l'elaboració d'una proposta al Consell Tècnic d’heràldica i vexil·lologia. El passat 3 d'Agost de 2017 l'ajuntament va rebre una resposta amb un informe de la proposta.
La proposta diu el següent:
“Bandera de proporcions 2:3. De blau, al centre, Agnus Dei d’argent amb una banderola carregada amb la inscripció Agnus Dei en lletres de sable. Flanquejat de dos escussons d’or carregats amb quatre pal de gules, sense corona”.
El següent pas tindrà lloc en un termini màxim de TRES MESOS en el Ple Municipal on es debatrà el projecte de bandera que haurà de comptar amb el vot favorable de la majoria absoluta del nombre legal dels seus membres, obrint-se en aqueix moment el tràmit d'exposició pública per terme de 20 dies. Una vegada resolt, es remetrà l'expedient a la Direcció general d'Administració Local, òrgan competent per a la seua tramitació, previ dictamen del Consell Tècnic d’Heràldica i Vexil·lologia. La resolució del procediment correspondrà al President de la Generalitat Valenciana.