Per a un estudi directe de la història de Sant Joan es fa imprescindible recórrer a altres arxius de la localitat com són el Parroquial i el del Jutjat de Pau.
- Arxiu de l'Església Parroquial de Sant Joan Baptista.. Per a conèixer el volum documental que albergava aquest arxiu remetem a SÁNCHEZ BUADES, M. i SALA SEVA, F. Resum històric de la Vila de Sant Joan d'Alacant, Alacant, 1978, pags. 256-260. Dades de contacte: C/ Comandant Seva, telèfon 622 171 554
- Arxiu del Jutjat de Pau. Inclou també el Registre Civil i es converteix en peça clau en els estudis genealògics i demogràfics des de 1870 d'ara endavant. C/ Doctor Ivorra, 46, telèfon 96 565 21 17
Altres arxius fora de Sant Joan d'Alacant
- L'Arxiu Municipal d'Alacant és complementari de l'AMSJA en el sentit que tota la documentació relativa a Sant Joan i Benimagrell des del segle XIV al XIX es troba en ell, sent imprescindible per reconstruir la història fins al moment de la segregació definitiva de Sant Joan. Hi ha documentació més abundant des del segle XVII i s'ha de tenir en compte el minvament de documentació que per a aquest arxiu va suposar l'atac de l'esquadra francesa en 1691. Accés directe: http://www.alicante.es/archivo/
- Arxiu Històric Provincial d'Alacant, en ell es custodien els protocols notarials dels escribans que van exercir en el terme de Sant Joan i tota l'horta. Aquests rics instruments plasmen les transaccions de dret privat (compra-vendes, arrendaments, herències, pagaments, etc.) des del segle XVIII. Cal afegir en aquest sentit que també es troben protocols notarials d'interès en l'arxiu de l'Església de Santa María d'Alacant i en el de la marquesa del Bosch. Altres fons de l'AHPA destacats són el del Ministeri d'Obres Públiques o els de Govern Civil i Delegació d'Hisenda per les seves funcions de supervisió i fiscalització dels municipis. Accés directe: http://dglab.cult.gva.es/arxiuhistoricalacant/index.htm
- Arxiu de la Diputació Provincial d'Alacant, Les transversalitat d'aquesta institució cap a tots els municipis de la província fa que atresori documents d'especial interès des del segle XIX als nostres dies. Destaquen per la importància que tenen, aquells producte de la Supervisió Municipal com són: Cinquenes, Eleccions, Comptes de Propis i Arbitris, Presupost Municipal. Hem d'esmentar que la Diputació, entre les seves competències, va assumir el fer-se càrrec dels hospitals i establiments benèfics de la província. En aquest sentit va recollir els fons del desaparegut Hospital de Sant Joan de Déu situat a la ciutat d'Alacant i que hem de posar en relació amb els documents de la col·lecció Martínez-Mena custodiats en l'AMSJA. Accés directe: http://www.archivo.diputacionalicante.es/
- Arxiu de la Comunitat de Regants “Sindicat de Regs de l'Horta d'Alacant”. Dipositat en règim de comodato en l'Achivo Històric Municipal de Mutxamel en 2007. El Sindicat de Regs guarda documentació des de 1739 a 2001 sobre l'aprofitament agrícola de les aigües del pantà de Tibi que discorren pel rio Montnegre o Riu Sec i configura les hortes de Mutxamel, Sant Joan i El Campello. A més incorpora els fons de Regs de Llevant i la Comunitat d'Usuaris del Mitjà Vinalopó i l'Alacantí. El fons local de l'Arxiu Municipal de Mutxamel és a més de gran interès per contenir informació valuosa de la història compartida amb Sant Joan. Accés directe: http://www.huertadealicante.es/ i http://www.mutxamel.org/areas.asp?menu=36